Kriteria sistem pertanian organik yang diberikan oleh IFOAM (Internatinal Federation of Organic Agriculture Movement) setidaknya harus memenuhi enam prinsip standar (Seymour, 1997).

1. Lokalita (localism). Pertanian organik berupaya mendayagunakan potensi lokalita yang ada sebagai suatu  .   agroekosistem yang tertutup dengan memanfaatkan bahan-bahan baku atau input dari sekitarnya

2. Perbaikan tanah (soil improvement). Pertanian organik berupaya menjaga, merawat, dan memperbaiki
    kualitas kesuburan tanah melalui tindakan pemupukan organik, pergiliran tanaman, konservasi lahan, dan
    sebagainya.

3. Meredam polusi (pollution abatement). Pertanian organik dapat meredam terjadinya polusi air dan udara
    dengan menghindari pembuangan limbah dan pembakaran sisa-sisa tanaman secara sembarangan serta
    menghindari penggunaan bahan sintetik yang dapat menjadi sumber polusi.

4. Kualitas produk (quality of product). Pertanian organik menghasilkan produk-produk pertanian           
    .berkualitas yang memenuhi standar mutu gizi dan aman bagi lingkungan serta kesehatan

5. Pemanfaatan energi (energy use). Pengelolaan pertanian organik menghindari sejauh mungkin penggunaan .   energi dari luar yang berasal dari bahan bakar fosil yang benipa pupuk kimia, pestisida, dan bahan bakar  
    minyak (solar, bensin, dan sebagainya)

6. Kesempatan kerja (employment). Dalam mengelola usaha tani organiknya, para petani organik
    memperoleh kepuasan dan mampu menghargai pekerja lainnya dengan upah yang layak.

Sistem pertanian organik paling tidak memiliki tujuh keunggulan dan keutamaan sebagai berikut.

1. Orisinil. Sistem pertanian organik lebih mengandalkan keaslian atau orisinalitas sistem budi daya tanaman ataupun hewan dengan menghindari rekayasa genetika ataupun introduksi teknologi yang tidak selaras alam. Intervensi budi daya manusia terhadap tanaman atau hewan tetap mengikuti kaidah-kaidah alamiah yang selaras, serasi, dan seimbang. Namun demikian, pertanian organik tidak berarti anti teknologi baru, sejauh hal itu memenuhi azas selaras, serasi, dan seimbang dengan alam.

2. Rasional. Sistem pertanian organik berbasis pada rasionalitas bahwa hukum keseimbangan alamiah adalah ciptaan Tuhan yang paling sempurna. Manusia sebagai bagian dari sistem jagad raya bukan ditakdirkan menjadi penguasa alam raya. tetapi bertanggung jawab untuk menjaga dan melestarikannya. Nilai-nilai rasionalitas harus digunakan secara seimbang dengan sistem nilai agama, etika, dan estetika yang menempatkan manusia sebagai makhluk paling mulia.

3. Global. Saat ini, sistem pertanian organik menjadi isu global dan mendapat respon serius di kalangan masyarakat pertanian, terutama di negara-negara maju di mana masyarakat sudah sangat sadar bahwa pertanian ramah lingkungan menjadi faktor penentu kesehatan manusia dan kesinambungan lingkungan. Pada berbagai pertemuan ilmuwan lingkungan tingkat dunia, tema sistem pertanian organik selalu menjadi agenda utama dan menarik karena menyangkut kepentingan global atau kepentingan bersama umat manusia di planet bumi ini.

4. Aman. Sistem pertanian organik menempatkan keamanan produk pertanian. baik bagi kesehatan manusia ataupun bagi lingkungan, sebagai pertimbangan utama. Pertimbangan berikutnya adalah kuantitas dan kualitas komoditas pertanian, termasuk kecukupan kadar gizi dan volume yang mampu memenuhi kebutuhan hidup manusia.

5. Netral. Sistem pertanian organik tidak menciptakan ketergantungan atau bersifat netral sehingga tidak memihak pada salah satu bagian ataupun pelaku dalam sistem agroekosistem. Hubungan saling ketergantungan atau simbiosis yang terbina antar pelaku sistem lebih bersifat mutualisme atau saling menguntungkan. Sistem pertanian industrial telah menciptakan ketergantungan petani pada penggunaan benih unggul, pestisida, dan pupuk kimia buatan pabrik. Eksistensi kemandirian petani tereduksi oleh hubungan ekonomi yang menempatkan nilai uang di atas segala-galanya.

6. Internal. Sistem pertanian organik selalu berupaya mendayagunakan potensi sumber daya alam internal secara intensil Artinya, introduksi input-input pertanian dari luar ekosistem (external inputs) pertanian sedapat mungkin dihindari untuk mengurangi terjadinya disharmoni siklus agroekosistem yang sudah berlangsung lama dan terkendali oleh kaidah hukum alam.

7. Kontinuitas. Sistem pertanian organik tidak berorientasi jangka pendek, tetapi lebih pada pertimbangan jangka panjang untuk menjamin keberlanjutan kehidupan, baik untuk generasi sekarang maupun generasi yang akan datang. Bumi seisinya ini bukanlah milik kita tetapi merupakan titipan anak cucu kita.

Pemerintah sudah berkomitmen bahwa subsidi terhadap harga input pertanian akan semakin dikurangi. Akibatnya, para petani sekarang merasakan mahalnya harga-harga sarana produksi pertanian. Usaha tani padi dengan skala kurang dari setengah hektar tidak lagi mencukupi untuk memenuhi kebutuhan hidup bagi keluarga tani, sebab besamya ongkos produksi sama dengan hasil penjualan sehingga pola kesejahteraan petani cenderung stagnan atau evolutif. Nilai tukar hasil-hasil pertanian pangan dalam satu dasawarsa terakhir semakin menurun karena fluktuasi harga dan pengurangan subsidi oleh pemerintah.